二者都是紧密跟踪上证民营企业50指数的表现，在风险和收益特征上会有相似的表现，投资者可以根据自己的投资和交易便利性、不同风险收益偏好进行选择：（1）投资方法方面，上证民企50ETF主要采取完全复制法，直接投资于上证民营企50指数的成份股；上证民企50ETF联接基金则采取间接的方法，通过将绝大部分基金财产投资于上证民企50ETF，实现对业绩比较基准的紧密跟踪。（2）在交易方式方面，投资者既可以像股票一样在交易所市场买卖上证民企50ETF，也可以用股票组合进行实物申赎上证民企50ETF；而上证民企50ETF联接基金则像普通的开放式基金一样，通过直销、银行、券商等渠道进行基金的申购与赎回。（3）业绩表现方面：上证民企50ETF联接基金与上证民企50ETF业绩表现可能出现差异，从理论上看民企50ETF的风险和预期收益将高于民企50ETF联接基金。可能引发差异的因素主要包括：①投资比例的要求。上证民企50ETF作为一种特殊的基金品种，可将全部或接近全部的基金资产，用于跟踪标的指数的表现；而上证民企50ETF联接基金作为普通的开放式基金，仍需将不低于基金资产净值5%的资产投资于现金或者到期日在一年以内的政府债券。②申购赎回的影响。上证民企50ETF采取实物申购赎回的方式，申购赎回对基金净值影响较小，上证民企50ETF联接基金申购赎回采取现金方式，大额申购赎回可能会对基金净值产生一定冲击。