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超过起付标准部分的医疗费主要由统筹基金支付，但个人也要负担一定比例，个人负担比例根据医疗费的数额分段确定。在职职工个人负担比例如下：起付标准以上至5000元部分，在一级及其以下医疗机构就医为36%，在二级医疗机构就医为39%，在三级医疗机构就医为41%；超过5000元至10000元的部分，在一级及以下医疗机构就医为34%，在二级医疗机构就医为36%，在三级医疗机构就医为38%；10000元以上至最高支付限额以内部分，在一级及以下医疗机构就医为31%，在二级医疗机构就医为33%，在三级医疗机构就医为35%。退休人员个人负担比例在在职职工个人负担比例的基础上相应降低三个百分点。单位原医疗待遇高于本办法的部分可继续在本单位内支出。参保人员住院，急诊抢救、恶性肿瘤门诊放（化）疗、尿毒症门诊透析时，采用属于城镇职工基本医疗保险支付部分费用的诊疗项目，以及使用属于城镇职工基本医疗保险药品目录中“乙类目录药品”的，个人先自支付20%，其余80%再由个人和统筹基金按比例支付。
