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1、交易对象不同。投资者通过试点商业银行柜台买卖记账式国债，其交易是在投资者与试点银行间进行的，投资者之间不能进行交易；而通过证券交易所买卖记账式国债，其交易是在不同投资者之间进行的，交易所并不参与报价和交易，只是提供了一个交易平台。 2、交易价格形成机制不同。通过商业银行柜台买卖记账式国债，其交易价格是各试点商业银行根据市场情况报出的；通过证券交易所市场买卖记账式国债，其交易价格是由买卖双方自由报价形成的。 3、交易成本表现形式不同。通过试点银行柜台买卖记账式国债，交易成本主要表现为买卖价差；通过证券交易所买卖记账式国债，交易成本则主要表现为手续费。
