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两者认定办法不同，一般纳税人应当向主管税务机关申请资格认定，小规模纳税人则不需要。两者在进项税抵扣上不同，一般纳税人按率征收，可以抵扣进项税，小规模纳税人销售货物或者应税劳务，实行按照销售额和征收率计算应纳税额的简易办法，并不得抵扣进项税额。两者增值税的征收方法不同，一般纳税人按率征收，17%或13%或0税率，小规模纳税人增值税固定征收率为3%。两者计算销售额的方法不同，一般纳税人销售货物或者应税劳务，采用销售额和销项税额合并定价方法的，按下列公式计算销售额：销售额＝含税销售额÷（1+税率）；小规模纳税人销售货物或者应税劳务采用销售额和应纳税额合并定价方法的，按下列公式计算销售额：销售额＝含税销售额÷（1＋征收率）。
