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农村专业合作社的注册资金应该按万分之五税率交纳印花税。下面我把税务总局的文件粘贴给你仔细研读。财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知财税[2008]81号成文日期：2008-06-24各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅（局）、国家税务局、地方税务局，新疆生产建设兵团财务局：经国务院批准，现将农民专业合作社有关税收政策通知如下：一、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。二、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。三、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。四、对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。本通知所称农民专业合作社，是指依照《中华人民共和国农民专业合作社法》规定设立和登记的农民专业合作社。本通知自2008年7月1日起执行。财政部国家税务总局二〇〇八年六月二十四日
