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我试着解答一下：新企业所得税中对于捐赠的规定是：企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。其中年度利润总额是指：是指企业依照国家统一会计制度的规定计算的年度会计利润。因此，公益性捐赠的所得税扣除限额是以会计利润为基础计算，超出扣除限额的部分应调增当年的应纳税所得，在弥补以前年度亏损后确定当年应纳企业所得税。原企业所得税法关于捐赠的扣除限额的计算是以应纳税所得额为基础计算，因此必须先还原捐赠，确定应纳税所得额之后才能计算扣除限额，计算比较麻烦。至于你说“而过去申报的顺序是先补亏，后捐赠”的说法好象理解有误。至少我没听说过这个申报顺序。
