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一看你的提问就知道你是个外行，我心可能简单地跟你解释一下：增值税是价外税，也就是说销售应税货物的销售价格是包含了增值税在内的，但购货方可凭销售方开具的增值税专用发票到国税局申报抵扣本企业本期应交增值税额。也就是说，甲公司向你们开具的增值税发票已经包含了增值税在内了，即是象你说的已经向你们收了增值税了，同时甲公司也要向税局交增值税（在这里是销项税）的。如果你们公司是生产销售型企业，也可以向税局申报抵扣这笔增值税（在这里是进项税）。增值税离一般为17%（一般纳税人），部分为13%（销售农产品），还有3%（小规模纳税人）。
