系统管理是会计信息系统运行的基础，它为其他子系统提供了公共的账套、年度账及其他相关的基础数据，各子系统的操作员也需要在系统管理中统一设置并分配功能权限。具体包括以下方面：（1）账套管理。账套是一组相互关联的数据。每一个独立核算的企业都有一套完整的账簿体系，把这样一套完整的账簿体系建立在计算机系统中就称为一个账套。每一个企业都可以为其每一个独立核算的下级单位建立一个核算账套。账套管理功能一般包括建立账套、修改账套、删除账套、引入/输出账套等。（2）年度账管理。年度账与账套是两个不同的概念，一个账套中包含了企业所有的数据，把企业数据按年度进行划分，称为年度账。年度账管理包括年度账的建立、引入、输出和结转上年数据，清空年度数据。（3）系统操作员及操作权限的集中管理。为了保证系统及数据的安全与保密，系统管理提供了操作员及操作权限的集中管理功能。通过对系统操作分工和权限的管理，一方面可以避免与业务无关的人员进入系统，另一方面可以对系统所包含的各个子产品的操作进行协调，以保证各负其责，流程顺畅。操作权限的集中管理包括定义操作者角色、设定系统用户和设置功能权限。（4）设立统一的安全机制。每个应用系统都无一例外地提供了强有力的安全保障机制。如设置对整个系统运行过程的监控机制，设置数据自动备份、清除系统运行过程中的异常任务等。