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政策性金融债的登记、托管与结算机构是中央国债登记结算有限责任公司。 中央国债登记结算有限责任公司经国务院批准于1996年成立，是唯一的全国性国债及部分金融债、企业债等债券的登记托管结算机构，注册资本1.8亿元人民币。该公司不以盈利为目的，其主要功能是实现对全国国债等债券的统一托管、统一结算，有效控制交易与结算风险；通过统一托管和结算，打破交易场所的封闭割据状态，逐步实现市场的统一，促进市场的规范化发展。目前，托管在该公司的各类债券余额超过10000亿元，交易和结算成员119家。 政策性金融债券也是由中央国债登记结算有限责任公司负责登记托管，各认购人均须在中央国债登记结算有限责任公司开设托管帐户。另外，中国人民银行规定政策性金融债券的转让、回购和质押手续也必须通过中央国债登记结算有限责任公司办理。
